Сюжет игры начинает свое развитие с того момента, на котором заканчивается фильм. G.I.Joe: The Rise of Cobra - модернизированный классический аркадный шутер, который объединяет в себе вид от третьего лица, управляемый транспорт, рукопашные комбо и ракетные атаки.
 
Игровая дюжина героев G.I. Joe: The Rise of Cobra разбита на три класса: Commando, Heavy Soldier и Combat Soldier. Commando лучше работают с близкого расстояния, в то время как последние два класса предпочитают большие пушки, которыми любят пользоваться издалека. А кого выберете Вы?